复旦的这个研究已经发表了。见http://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0105691。
文章中对于这三个超级祖先只是提出猜想，并没有象视频里说那么肯定。复旦也没有其他证据能够说明这三个超级祖先能和炎黄之类对上号。李辉这么说显得不专业，也许和他以为这段不会被公开有关（视频有说内部讨论云云）。这个是我同意你的一半。
不同意的一半是关于距离计算的。在分子进化里这种距离计算都是基于分子钟的。有大量的研究。其中估计有多少不确定性也是知道的。
另外文章的第一作者严实写过一篇文章专门说这个结果：http://blog.sina.com.cn/s/blog_465ddf790101ff19.html