刚刚在科学网看到２００９中国１０大基础科学研究进展的评选结果http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2010/1/227264.shtm 大部分不在我的智力范围，无法判断其优劣。

但这一项：“鉴别出与超级杂交水稻杂种优势相关的潜在功能基因”，对研究内容我略知一二。估计就是指的这篇文章http://www.pnas.org/content/106/19/7695.full?sid=4dd3335d-aa1c-4626-9282-a771cf22b8a8。这篇文章是袁隆平当选美国院士后的就职文章，尽管他也名列４名通讯作者之一，但我更认为作为从事应用研究的袁先生估计是被“绑架”到这一有重大突破的基础研究论文上的。我认为其或许写一篇中国超级水稻发展战略思考等一类的观点文章，可能比这篇文章的意义更大（当然这仅是个人臆想）。作为美国科学院院士，一个直接的好处就是可以自己写文章也可以推荐文章到PNAS上发表，而不需要一般意义的严格的peer-review过程。可是作为袁院士的就职文章，发表却并不顺利，从投稿到接受发表花了２年还多的时间，也是比较罕见的。当然我们也可以说，袁院士很严谨！找的reviewer都很认真。

再来说说文章的内容，杂种优势是百年难题，尽管发表的相关文章有一堆（比如２０１０年第一期的TAG,就是杂种优势的专辑，伴随玉米基因组出来的science系列文章，也有一篇是谈玉米杂种优势的），但迄今为止，尚没有人敢说搞清楚了这个神奇但又非常复杂现象的机理。也没有任何与杂种优势有关基因被鉴定和克隆（其实是否真的存在直接控制杂种优势的基因，目前还需要打一个天大的问号）。就获奖的这个研究而言，利用芯片来差异表达亲本和F1不同时期的组织，获得一堆差异表达的基因，然后推导影响杂种优势形成的可能成因，是我读博士的时候（也就是１０多年前）DNA 芯片开始流行的时候，火热的一个话题。随着下代测序技术的发展和表达芯片本身天然存在的过高的假阳性，这种研究思路渐渐淡出人们的视线了，其实这种技术诞生的同时伴随着的就是无数的争论。尽管文章可以检索到无数，但真正有结论东西了了。PNAS这篇文章也没有逃出这个套路。

给的评价是，鉴别出与超级杂交水稻杂种优势相关的潜在的功能基因，用了两个限定词（相关的，潜在的），你就知道其实这个结果有多玄乎，从文章看，这种差异表达的基因数千个，说等于没有说。其实，我们可以说水稻基因组的任何一个基因都是影响水稻杂种优势的潜在功能基因（这个说法不是钻牛角尖，而是有相当的科学依据）。因为，目前的数据标明，不同的杂交组合，差异表达的基因也不同，一个给定的组合有１０％的基因差异表达而推测与杂种优势有关，如果我们鉴定更多的强优势组合，比如１００个，我们最后可能发现，所有的基因都差异表达。

PNAS文章的结果是否有意义，回答是当然有。但其意义多大，是否值得评为年度１０大进展之一，我认为不管从其研究思路的创新性，研究结果的新颖性等方面来说都值得商榷！